Come calcolare copertura Sequence

studi di arricchimento richiedono il calcolo dei dati di sequenziamento per determinare il livello di copertura . Questo viene fatto principalmente con laboratori di sequenziamento del gene che richiedono la preparazione del campione di DNA integrato e pre - arricchimento pooling . Calcolo copertura sequenziamento richiede l'utilizzo di variabili che includono la copertura sequenziamento media , il totale mirata basi e l'efficienza di arricchimento . L'esecuzione di questo calcolo è effettuato inserendo tutte queste variabili in un'equazione . Istruzioni
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Scrivere l'equazione utilizzata per calcolare la copertura sequenziamento media . Questo sarà simile alla copertura desiderata diviso per la copertura media normalizzata . Se la copertura desiderata è 10x e la copertura normalizzata media è di 0,2 , quindi la copertura sequenziamento media è 50
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Scrivere l'equazione utilizzata per calcolare la quantità di sequenziamento . Questo sarà simile ( totale basi mirate) (media copertura sequenziamento ) /( efficienza arricchimento ) = quantità di sequenziamento .
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Plug in 62 MB per " totale basi mirati " e 0,65 per l '"efficienza arricchimento . " Aggiungere la quantità di copertura sequenziamento del 50x e l'equazione sarà simile (62) (50) /0.65 . Il risultato dell'equazione sarà 4,8 GB di dati di sequenziamento .