La polimerizzazione meccanismo in SDS gel

SDS- PAGE è una procedura scienziati usano per separare le proteine ​​in base a come migrano attraverso un gel . I gel sono fatti di un polimero chiamato poliacrilammide . Quando si effettua un gel di poliacrilammide , si inizia con una miscela di sostanze chimiche : acrilamide , bisacrylamide , SDS e una sostanza chimica tampone per stabilizzare il pH . L'aggiunta di un composto persolfato e un'altra sostanza chimica chiamata TEMED causerà l' acrilamide a formare lunghe catene o polimerizza . Iniziazione

Lo ione persolfato in persolfato di ammonio è l'equivalente di due ioni solfato collegati da un legame ossigeno-ossigeno debole. Questo legame può scindere o spezzare in due , producendo radicali solfato --- molecole altamente reattive con un elettrone spaiato . Il solfato radicale può reagire con acqua per generare un radicale idrossile , o può reagire con il monomero acrilammide per avviare la reazione di polimerizzazione . TEMED agisce come un catalizzatore che accelera la velocità con cui persolfato ioni formano radicali .
Chain Reaction

Una volta che un idrossile o solfato radicale ha formato , attacca un monomero acrilammide , prendendo uno degli elettroni nel doppio legame . Il monomero acrilammide è ora un radicale con un elettrone spaiato , così si va ad attaccare un altro monomero acrilammide in modo simile . Questa serie di eventi crea una catena di fast crescente di monomeri di acrilammide legate da legami semplici . La reazione a catena termina solo quando due radicali reagiscono tra loro .
Cross-Linking

Se acrilamide erano presenti da sola, non sarebbe forma il gel denso che serve per la SDS- PAGE . I polimeri devono essere reticolato per formare un gel con le giuste proprietà , ed è lì bisacrylamide entra in gioco I doppi legami in bisacrylamide servono anche come obiettivo per radicali nella reazione , e perché ha due siti in cui può essere attaccato da radicali , è infine incorporato in due dei polimeri crescenti . Di conseguenza , i polimeri finiscono con collegamenti incrociati tra loro in luoghi casuali lungo la lunghezza di ciascuna catena .

Considerazioni

La reazione di polimerizzazione è molto veloce , quindi una volta che ' ve ha aggiunto il TEMED e il persolfato , si svolgerà molto rapidamente . La purezza dei tuoi reagenti è importante perché contaminanti possono influenzare i risultati . Acido acrilico , per esempio , può essere aggiunto al polimero e crea siti di scambio ionico che possono causare variazioni di pH locali nel gel . Il gel risultante può ancora contenere qualche monomero acrilammide , e acrilammide è una neurotossina , in modo da prendere sempre precauzioni appropriate quando si lavora con gel SDS .